欧洲的沼气工程技术较为先进，尤其是德国的沼气工程机械化程度很高。欧盟国家十分重视沼肥的安全利用和生态卫生研究，如德国对沼肥的安全利用有严格的管理规定，沼气发酵处理后的残余物——沼肥必须在 70 ℃下处理1h才可作为肥料使用，为了环境卫生和肥效的充分利用，制度规定秋季以后不得将沼肥施于农田，必须贮存 6个月后才能使用。

与这些国家相比，我国的沼肥安全利用目前尚处于起步阶段，沼肥利用的研究仍以提高农作物产量为主，对沼肥的安全利用还没有法规性的文件和管理制度。

我国沼气工程沼液中物质超标主要有抗生素、重金属这2类物质。规模化养殖畜禽粪便中的抗生素、重金属超标是沼液中超标的主要因素; 秸秆原料中重金属超标主要与农作物生长过程中农药使用、土壤迁移及添加畜禽粪便等因素有关。

随着集约化、规模化养殖业的迅速发展，一些重金属元素如Cu、Zn、As等被广泛应用于饲料添加剂。在畜禽粪便中，Cu和Zn的直接排泄量占总量的95%以上，只有微量排放到尿中。猪粪中Cu、Zn、Mn、Ni的平均含量均较高，其中Cu、Zn最为明显，鸡粪中Cr的平均含量较高，而牛粪中各重金属含量低于其他粪便。

由于沼气工程产气率受发酵温度的影响，我国大多数沼气工程产气不稳定。在夏季高温季节，由于产气率的提高，许多沼气工程在正常的沼气利用情况下，往往会造成大量沼气剩余，沼气工程企业没有办法利用多余的沼气，出于保护沼气工程安全的需要，部分沼气工程就会出现偷偷进行CH4排空的违规行为。

再者缺乏有效的监管措施，难以及时判断、发现沼气工程出现“沼气排空”的违规行为，更难以对这种违规行为进行处罚；最后是当沼气工程发酵装置出现故障无法正常进行，由于配套维护设施不完备，造成 CH4直接排放到空气中。

沼液还田利用具有处理量大、成本低以及对氮、磷去除效果好等优点，是目前我国普遍认为最易实施、有效的沼液处理方式。目前，我国沼液安全利用的研究往往以提高产量为主，对沼液的安全使用缺乏法规性的文件或管理制度，对管理、施用数量、施用性质还很模糊。